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从1616年到1682年，笛卡尔做了广泛的游历。他曾在三个军队中（荷兰、巴伐利亚和匈牙利）短期服役，但是他显然未参加任何战斗。他还观光过意大利、波兰、丹麦及其它许多国家。在这些年间，他系统陈述了他认为他现真理的一般方法。他五十二岁时，决定用此方法将世界做个综合性的描述。当时他定居荷兰。此后的二十五年一直生活在那里，他选择了荷兰，因为那里有更多的思想自由，还可以躲避巴黎社会的纷扰。

1629年他写了《思维指南录》一书，概述了他的方法（但是这本书从未完稿，也许从未打算表，直到他去世五十多年后他的第一版才问世）。在163o年到1634年期间，笛卡尔运用自己的方法研究科学。为了学到更多的解剖学和生理学知识，他亲自做解剖。他在光学、气象学、数学及其他几个学科领域内都独立从事过重要研究。

笛卡尔本想在一本题为《世界》的书中介绍他的科研成果，但是当该书在1633年快要完稿时，他获悉意大利教会的权威们宣告伽利略有罪，因为他拥护哥白尼的日心说。虽然笛卡尔在荷兰未受到天主教权威的迫害，但是他还是决定谨慎从事，收书稿进箧入匣，因为在书中他捍卫了哥白尼的学说。但是在1637年他表了最有名的著作《正确思维和现科学真理的方法论》，通常简称为《方法论》。

《方法论》是用法文而不是用拉丁文写成的，一切有文化的人都可以通读，包括没有学过古典语言的人。在《方法论》中附有三篇论文，在这三篇论文中笛卡尔给出了用自己的方法做出明的例子。第一篇《光学》论文中，笛卡尔提出了光的折射定律（但是这个定律在此之前就已被威勒勃劳德·斯内尔现）；讨论了透镜和多种其它光学仪器；描述了眼睛的功能及病态的原因；提出了一种光的学说，后来为克里斯琴·海更斯系统阐述的光波学说揭开了序幕。他的第二篇论文第一次用现代的观点来探索气象，讨论了云雨风，正确解释了彩虹的形成原因。他批驳热是一种不可见的流体组成的观念，指出热是一种内在运动形式的正确推论（但是这个推论以前已由弗朗西斯，培根和其他人提出过）。在第三篇论文中，笛卡尔介绍了他所有的贡献中最重要的──解析几何。这是一项重大的数学进展，为牛顿明微分开辟了道路。

也许笛卡尔哲学的最大有之处来自他的方法。笛卡尔十分留心被普遍接受的大量错误的概念，决定要达到恢复真理的目的，就须得从零开始做起。因此他开始怀疑一切──老师教给他的一切，他的所有最崇高的信仰，所有的常识观念，甚至外部世界的存在，连同他自己的存在──总之是一切的一切。

这自然就引出了一个问题：怎样才能消除如此普遍的怀疑来获得一切事物的可靠知识呢？笛卡尔用形而上学观点进行了一系列创造性的推论，证明出使自己满意的结果：由于他自己的存在（我思我在），上帝才存在，外部世界才存在，这就是笛卡尔学说的起点。

笛卡尔方法具有双重意义。第一，他把&1dquo;什么是知识”这个认识论的基本问题置于他的哲学体系的中心。早期的哲学家力图描写世界的本质，但是笛卡尔教导我们这样的问题若不和&1dquo;我怎么能知道？”联系在一起，就得不出满意的回答。

第二，笛卡尔认为，我们不应该从信仰开始而是从怀疑开始。（这恰好与圣·奥古斯丁及大多数中世纪神学家的看法相反，他们认为信仰第一）。这样笛卡尔确实得出了正统神学的结论。但是他的读者对他的倡导方法远比对他得出的结论还要更为重视（教会担心他的著作会起破坏性作用不是没有理由的）。

笛卡尔在他的哲学中强调精神和物质之间的区别，在这方面他提倡彻底的二元论。这个区别以前就有人提出过，但是笛卡尔的论著引起了对该问题的哲学讨论。他所提出的问题从那时以来就引起了哲学家的兴，但是尚未得到解决。

笛卡尔的物质宇宙观也很有影响。他认为整个世界──除了上帝和人的心灵之外──都是机械运动的，因此所育的自然事物都可以用机械原因来解释。他否认占星术、魔法以及其它迷信形式，同样否认了对事物所做的一切目的论的解释（也就是他寻找直接的机械原因，否定事物的生是为了某种遥远的终极目的的认识）。由笛卡尔的观点可以看出，动物从本质上讲就是复杂的机械，人体也受通常的力学定律所支配。从那时起，这就成了现代生理学的基本观点之一。

笛卡尔提倡科学研究，认为把它应用于实践会有益于社会。他觉得科学家应避免使用模糊不清的概念，应该努力用数学方程来描述世界。所有这些听起来倒很合乎现代要求，但是笛卡尔虽然自己也亲自做观察实验，但是却从未强调过实验在科学方法中的极其重要性。

早在笛卡尔几年之前，著名的英国哲学家弗朗西斯·培根提出要搞科学研究，并且会从中受益。笛卡尔&1dquo;我思我在”的著名观点也并不奇，圣。奥古斯丁早在一千二百多年前就提出过（当然用词不同）。同样，笛卡尔对上帝存在的&1dquo;证明”也只不过是圣·安瑟尔姆（1o33──11o9）最先提出的实体观点的一种变体。1641年，笛卡尔表了另一部名著《冥想录》，1644年，他的《哲学原理》问世。这两部著作都是用拉丁文写成的，1647年又有译本问世。

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